Paljonko DNA:sta on romua?

Seuraava kirja-arvioni ilmestyi Skeptikko 1/2018 -lehdessä (ilman tässä olevaa jälkikirjoitusta).

Olemme säälittäviä romukasoja

Nessa Carey (2015): Junk DNA – A Journey Through the Dark Matter of the Genome. Icon. Lontoo.

Ihmisen perimästä suuri osa on tarpeetonta. Arviot turhan DNA:n määrästä ovat vaihdelleet 98 prosentista muutamiin prosentteihin. Virustutkija Nessa Carey edustaa jälkimmäistä ääripäätä. Hänen mukaansa valtaosalla ihmisen DNA:sta on jokin tärkeä tehtävä. Carey käyttää vertauksena Ferrari-tehdasta:

Olisimme yllättyneitä, mikäli jokaista kahta sellaista ihmistä kohti, jotka kokoavat kirkkaanpunaisia urheiluautoja, tehtaassa olisi 98 ihmistä, jotka istuvat siellä tekemättä mitään. Tämä olisi naurettavaa, joten miksi se olisi järkevää genomimme kohdalla?

Ferrari-tehtaan toiminta todellakin tarvitsee kokoonpanijoiden lisäksi muita ammatteja: markkinoijia, kirjanpitäjiä, siivoojia. Ja laiska vapaamatkustaja ei kauan pysy palkkalistoilla.

Mutta onko tämänkaltainen erikoistuminen selitys turhiksi väitetyille DNA-pätkille? Careyn mielestä osa roina-DNA:sta – tai tilke-DNA:sta, kuten sitä myös on nimitetty – esimerkiksi muodostaa erityisiä kromosomirakenteita. Perustelut kuulostavat järkeviltä, mutta uskon, että Carey on väärässä. Väite kromosomirakenteista on ongelmallinen jo siksi, että roina-DNA on osa kromosomia jo määritelmällisesti. Useimmissa tapauksissa Carey ei pystykään osoittamaan, että muodostuneilla rakenteilla olisi jokin tehtävä.

En käytä junk-DNA:sta suomennosta roska-DNA, koska kuvaavampi nimitys on roina. Monien kellarit ovat täynnä roinaa ja rompetta, mutta roskaa ei juuri säilytellä. Vastaavasti englannin sana junk ei ole sama kuin garbage. Junk-DNA on siis kellariin tai ullakolle säilöttyä rojua, josta osa saattaa joskus olla hyödyksi. Mutta DNA-rojua ei ole laitettu talteen tulevaisuudessa tapahtuvaa käyttöä varten. Tämä roina on olemassa itseään varten.

Vertaus jonkin elimen, vaikkapa sydämen toimintaan on kuvaava. Sydämen tehtävä on ilmeinen: pumpata verta. Samalla se kuitenkin lisää ruumiinpainoa ja täyttää onkalon keuhkojen vieressä. Jälkimmäisenä mainitut seikat eivät silti ole tehtäviä, joita sydän on kehittynyt hoitamaan. Vastaavaan tapaan suuri osa kromosomirakenteista saattaa olla sivutuotetta ylimääräisestä DNA:sta.

Careyn ongelma on itsekkään geenin periaatteen unohtaminen. Tästä näkökulmasta ei ole naurettavaa tai paradoksaalista, että suuri osa genomistamme on joutavanpäiväistä romua. Olisi suorastaan outoa, jos osa DNA-pätkistä ei olisi kehittynyt nimenomaan hyväksi kopioitujaksi, eräänlaiseksi loiseksi, joka osaa soluttautua kromosomikehikkoon. DNA:n tehtävä kun viime kädessä on tehdä itsestään kopioita. Näkemyksen mukaan DNA-pätkät kamppailevat ”markkinaosuuksista” vähintään yhtä paljon kuin ne ohjaavat kehon rakentumista ja toimintaa.

Biologi Matt Ridley kertoo eräästä tällaisesta huomaamattomasta vapaamatkustajasta:

Yleisin geeni ihmisen genomissa on resepti käänteistranskriptaasille, entsyymille, jolle ihmiskeholla on vähän tai ei lainkaan käyttöä, ja jonka päätehtävä tavallisesti on auttaa retroviruksien leviämistä. Silti tästä geenistä on useampia kopioita tai puolikopioita kuin kaikista ihmisen geeneistä yhteensä. Miksi? Koska käänteistranskriptaasi on olennainen osa mitä tahansa DNA-jaksoa, joka pystyy kopioimaan itsensä ja jakamaan kopioita ympäri genomia. Se on osoitus digitaalisesta loisimisesta. Useimmat kopiot eivät nykyään toimi, ja osa on jopa laitettu hyvään käyttöön, säätelemään oikeita geenejä tai sitomaan proteiineja. Mutta ne kulkevat mukana, koska ne ovat hyviä kulkemaan mukana. (Teoksesta: Evolution of Everything, 2015.)

DNA-pätkien ja kromosomirakenteiden ”tehtäviä” on toki vaikea tulkita. Toistaiseksi on kuitenkin mahdotonta selittää esimerkiksi paikkaa vaihtavien DNA-pätkien valtavaa osuutta eri lajien genomista muulla tavoin kuin itsekkään geenin teorialla.

Ajatusta geenin itsekkyydestä silti soimataan rutiininomaisesti. Kritiikkiin kannattaa vastata kysymällä, mihin sipuli tarvitsee genomin, joka on noin viisi kertaa ihmisen genomia suurempi. Tai mihin eräs salamanterilaji tarvitsee 70 kertaa enemmän DNA:ta kuin kana? Entä miksi lentävillä linnuilla on vähemmän DNA:ta kuin pomppivalla heinäsirkalla?

Itsekkyys -vertauksen mielekkyydestä molekyylien tapauksessa on toki mahdollista kiistellä, mutta vaatii tahallista väärinymmärtämistä ajatella, että geeni olisi itsekäs jotenkin inhimillisellä tavalla tai että geenin itsekkyys tekisi yksilöstä itsekkään.

Parasiitti-DNA:n menestys on mahdollista luonnollisesti siksi, että riittävän suuri osa genomista tekee jotakin rakentavampaa eli auttaa sellaisen ruumiin ja mielen muodostamisessa, joka pystyy houkuttelemaan puolison ja kasvattamaan jälkeläisiä. Roina-DNA:n runsaus kuitenkin muistuttaa, että DNA rakentaa genomin pikemminkin itselleen kuin kehon hyväksi. Itse asiassa ihmiskehoa ja -mieltäkin voidaan tarkastella sivutuotteena DNA-pätkien eloonjäämiskilpailusta.

Perimä ei toisin sanoen ole yksituumainen tietopankki, jonka johtokunta omistautuu yksilön hengissä pitämiseen. Yksilö taas on vain tilapäinen kulkuneuvo itsekkäille geeneilleen. Edesmennyt akateemikkomme William Hamilton (1936–2000) heittäytyy kaunopuheiseksi tämän levottomuutta herättävän ajatuksen edessä:

Oma tietoisuuteni ja selvästi jaoton minuuteni alkoi näyttää aivan muulta kuin olin kuvitellut, eikä minun tarvitsekaan olla niin häpeissäni itsesäälistäni. Olenkin jonkin heikon liittouman ulkomailta tilaama lähettiläs. Toteutan jakautuneen valtakunnan huolestuneitten vallanpitäjien ristiriitaisia määräyksiä. Kun kirjoitan näitä sanoja, tavoittelen yhtenäisyyttä, vaikka tiedän jossakin syvällä itsessäni, ettei sitä ole olemassakaan. Olen perusteellisesti sekoittunut, koiras naaraassa, vanhempi jälkeläisessä; olen kromosomien taistelevia segmenttejä, jotka tarttuivat toisiinsa taistelussa miljoonia vuosia ennen kuin Severnjoki näki Housmanin runojen keltit ja saksit.

PS. Tässä tuoreen junk-DNA:ta puolustavan artikkelin tiivistelmä (On causal roles and selected effects: our genome is mostly junk. BMC Biology [2017] 15:116):

The idea that much of our genome is irrelevant to fitness—is not the product of positive natural selection at the organismal level—remains viable. Claims to the contrary, and specifically that the notion of ”junk DNA” should be abandoned, are based on conflating meanings of the word ”function”. Recent estimates suggest that perhaps 90% of our DNA, though biochemically active, does not contribute to fitness in any sequence-dependent way, and possibly in no way at all. Comparisons to vertebrates with much larger and smaller genomes (the lungfish and the pufferfish) strongly align with such a conclusion, as they have done for the last half-century.

Ja loppusanat:

Moreover, fitness must be defined more carefully than being necessary for the range of phenotypes currently exhibited by the human population. Many specific differences between human and chimpanzee DNA are no doubt necessary for the phenotypic distinctions between us and them (and thus are CR-functional), but other phenotypes might be equally viable or fit. We and chimps are not the only possible apes, and many of our adaptednesses may not be adaptations at all. That is to say, many of our uniquely human traits are probably the contingent products of drift and historical accidents—they make us us, but were not selected to have that, or necessarily any, effect. So we are back to Ohno’s conundrum. If lungfishes have junk, or at the least extraordinarily weakly or diffusely functional DNA in their genomes, why is it that we think we do not?

Vieraskynä: Pohdintaa vuoden 2008 talouskriisien syistä (Ridley vs Taibbi)

Tämä on ensimmäinen vieraskynä -kirjoitus blogillani. Ystäväni Arto Kuosmanen vertailee tässä kahden Mattin (Ridley ja Taibbi) selityksiä vuoden 2008 talouskriisistä. Aihe ei ole tämän blogin ytimessä, mutta kiinnostanee joitakin lukijoita. Minulla on Ridleyn teos vielä kesken, mutta nyt sen lukeminen on entistä kiinnostavampaa. Arto on myös tehnyt 13 sivua pitkän referaatin Taibbin kirjoista. Pyydettäessä lähetän sen kiinnostuneille. 

                                        * * *

Vertailua vuoden 2008 talouskriisin analyyseista

Matt Ridley (2015): The Evolution of Everything, luku 15 The Evolution of Money, s. 277–298

ja

Matt Taibbi (2010/2011): Griftopia, A Story of Bankers, Politicians, and the Most Audacious Power Grab in American History.

Tämän vertailun painopiste on Matt Ridleyn kirjassa Matt Taibbin antamien tietojen valossa. Jälkimmäinen journalistihan on huonosti tunnettu Suomessa. Ehdin jo aiemmin, pienin varauksin, kehuskella Ridleyn kirjoitusta: ”Tosi hyvä luku tämäkin, mm. selkeä ja perusteellinen analyysi vuoden 2008 kriisin syistä. Mutta vaikka olen mielestäni paljon lukenut makrotaloustiedettäkin, minua kyllä hämmensi tämä johtopäätös, että keskuspankkien monopoli setelien, tai siis rahan luomisessa olisi huono juttu. …  Samoin Glass-Steagall -asetuksen kumoamisen vähättelyä kummastelin.”

Nyt lisää kritiikkiä. Toinen lukukerta paljasti muutaman hataruuden hänen logiikassaan, päälle tulee vielä Matt Taibbin antamat tiedot. Aloitan ensin alaotsikosta ”How much was Fannie’s fault?”.

Matt Ridley

Molemmat GSEt (Government-Sponsored Enterprise), Fannie Mae ja Freddie Mac, pakotettiin vähitellen kasvavilla kiintiöillä antamaan lainoja surkean maksukyvyn omaaville asiakkaille, ja tällä oli varmasti tärkeä merkitys asioiden kehityskulkuun. Olennaisin osa tuosta lainsäädännöstä kuitenkin tehtiin vuosina 1992–1999, joten en laittaisi 100 %:ia asuntokuplan syistä tai seurauksista tälle. Taibbia kuitenkin naurattaa koko selitys hallituksen asuntopolitiikan turmiollisuudesta, eikä häneltä löydy vastaavaa selvitystä tuosta lainsäädännöstä ja sen seurauksista. Tämä on iso puute teoksessa. Lait syntyivät pitkälti painostusryhmä ACORNin aloitteista ja koskivat 2000-luvulla jo kaikkia muitakin, eivät ainoastaan näitä kahta GSE:tä, mutta niille kertyi 2/3-osaa markkinoiden subprime-lainoista vuoden 2008 romahdukseen mennessä, eli $2 trillion, siis 2 biljoonaa.

Matt Taibbi

Ridleyn yhteenveto talouskriisistä on, että asuntokuplan rahoitus (ylijäämäsäästöt) tuli Kiinasta, matalat korot FEDiltä ja insentiivi holtittomaan lainaamiseen maksukyvyltään kyseenalaisille henkilöille tuli lainsäädännöstä. Ja syy ei missään tapauksessa ollut liiallisessa dereguloinnissa (vaan päinvastoin liiallisessa reguloinnissa), eikä missään puhjenneessa uudessa ahneudessa. Hän jatkaa, että ”ja tämä oli suurin syy niin monien pankkien ja vakuutusjätti AIG:n romahtamiselle”. Tämä on hataraa logiikkaa; vakuutusyhtiö AIG ei myynyt asuntolainoja, subprime-tyyppisistä puhumattakaan. Ridley itsekin toteaa sivulla 287 alaotsikon The China Price alla: ”AIG, whose credit default swaps almost killed the world economy the same year [2008]..” Ja Taibbihan tiesi kertoa, että ei vain Joe Cassanon CDSt, vaan etenkin Win Neugerin shorttaajien arvopaperien lainauspalvelut ne AIG:n kaatoivat, ei mikään muu. Entäs ne ”niin monet muut pankit”? No ehkä osin totta joidenkin liikepankkien kohdalla, muttei yhdenkään investointipankin kohdalla, niissä syynä CDOt, CMOt, CDSt ym. roskapaperit.

Ote Taibbi-referaatin alusta.
Lähetän koko pdf:n
kiinnostuneille.

Ridleyn yhteenvedosta Taibbi on samaa mieltä vain yhdessä kohtaa, tolkuttoman alhaisista koroista FEDiltä täysin väärään markkina-aikaan. Tosin pieni vivahde-ero löytyy tästäkin, miten he määrittelevät käsitteen Greenspan put. Ridleyn mukaan se on FEDin koronalennuspolitiikka teknokuplan jälkeen, jolla pelastettiin Wall Streetin tavoitteita ja joka oli hänen mukaansa suurin yksittäinen syy asuntokuplan myöhemmälle muodostumiselle. Taibbin mukaan Greenspan put tarkoittaa, että FED lainaa halvalla ”shitloads of money” Wall Streetille. (Ridleyn logiikka on siis: kuplan syy FEDin korkopolitiikka ja pankkien (& AIG:n) romahdusten syy asuntopolitiikka.)

Toiseksi, yksinomaan Kiinan sijasta, Taibbi näkee rahoituksen tulevan laajemmalta rintamalta, ehkä etunenässä rikkaista öljymaista. Onkohan tämä niin oleellista, rahaa on aina jossain ja se menee sinne, missä sitä voi tehdä lisää. Ja totesin jo, että on Taibbilta iso puute subprime-lainsäädännön ohittaminen.

Kahdesta Ridleyn ei-syystä olen Taibbin kanssa samaa mieltä ja Ridleytä vastaan. Ensin deregulointi. (Ridley muuten nojaa kirjailija Gilderiin, jonka mukaan AIG:lla oli tytäryhtiöitä 50 osavaltiossa, Taibbi siteeraa Nykin FEDin pomoa Eric Dinalloa, jonka mukaan niitä oli 11 osavaltiossa, ”..puhelinkokoukseni 11 kanssa..”.) Samalla sivulla Ridley viittaa Indymacin ja AIG:n ja vieläpä omiin kokemuksiinsa pankin hallituksen puheenjohtajana, marisee tarkastajien suurista määristä ja siitä, että ovat tungettelevia ja seikkaperäisiä, sitten antavat puhtaat paperit tai varoittavat vääristä riskeistä aivan tuhon porteille saakka. Regulaatioviranomaisten tehtävä ei kuitenkaan ole suojella bisnesriskeiltä, bisnesvastuu on omistajilla ja vastuullisella johdolla, viranomaisten tehtävä on katsoa, että lakeja noudatetaan.

Olen lujana kannassani, mitä tulee Glass-Steagall -lain tarpeellisuuteen. Sen tarve ei ole hävinnyt mihinkään. Päinvastoin nyt on ilmennyt yksi syy lisää, miksi se pitäisi taas ottaa käyttöön (eli siis kieltää liikepankki- ja investointipankkitoiminnan yhdistäminen). Ja se syy lähtee pankkialan(kin) keskittymisestä; monta toimijaa on pelastettu kalliisti veronmaksajien rahoilla, koska ne ovat olleet ”systeemisesti tärkeitä”, suomeksi sanottuna liian suuria kaatumaan päästettäviksi. Ja mitä tulee ahneuden määrään, niin kyllä se vaan kupla kuplalta on näyttänyt kasvavan ja keinot käyneet koko ajan härskimmiksi, siis täysin rikollisiksi, kuten saatamme lukea Taibbin teoksesta. Tässä en pysty edes luettelemaan kaikkia konnuuksia. Ennen saattoi miljoonabonus riittää, nyt pitää saada satoja miljoonia.

Vielä pari kommenttia Ridleyn luvun 15 alkupuolen kertomuksiin:

Luvun alussa ihastellaan englannin 1700-luvun lopun yksityisiä kolikontekijöitä. Heidän menestystään käytetään todisteena sille, että valtion monopoli on tarpeeton tai peräti haitallinen. Ridley näyttää unohtavan koko yksityisten yrittäjien menestyksen ehdottoman perusedellytyksen, jonka hän tosin tulee ohimennen maininneeksi sivulla 278: ”ME LUPAAMME MAKSAA HALTIJALLE YHDEN PENNYN” (isot kirjaimet Ridleyn). Turha mainitakaan, että tuo penny oli se valtion monopolin kolikko.

Skotlannin (ja muidenkin) esimerkki vapaasta, keskuspankittomasta pankkijärjestelmästä nojaa siihen historialliseen faktaan, että pankit muodostivat poolin, jossa rahaa vaihdettiin keskenään tietyin yhdessä sovituin säännöin ja väliajoin (Skotlannissa kaksi kertaa viikossa), jolloin mahdolliset ongelmat olisivat tulleet nopeasti esille, kuten Ridley kuvailee; paljonkohan tuo eroaa nykykäytännöstä, jossa pankit viidesti viikossa tallettavat rahojaan yön yli keskuspankkiin ym. sääntöjä noudattaen. Nuo poolit ajoivat siis keskuspankin roolia, tosin ilman lakipohjaista regulointivaltaa, mutta keskenään sovitut säännöt olivat takuulla yhtä velvoittavia, ellei enemmänkin. Uskallan arvella, että free-banking ei enää toimisi tämän päivän Wall Street -moraalilla varustettujen pankkiirien kesken. Tosin en tiedä, luotanko juuri sen enempää keskuspankkiirienkaan moraaliin, luettuani Griftopian.

Nämä kaksi huomiota vain vähän tasapainottamaan muuten aika lennokkaita kertomuksia. Sivumennen sanoen, tämä luku sopi huonoiten kirjan teemaan Evolution of Everything, vaikka toki se siihen jotenkuten mahtui. Kokonaisuutena teos on hieno.